Anies dibesarkan di Yogyakarta. Ia bersekolah di SMPN 5 Yogyakarta. Setelah lulus bersekolah di SMAN 2 Yogyakarta.
Ketika SMA Anies terpilih menjadi Ketua OSIS se-Indonesia pada tahun 1985.
Kemudian tahun 1987, dia terpilih menjadi peserta program pertukaran pelajar AFS sehingga sempat tinggal satu tahun di Milwaukee, Wisconsin, Amerika Serikat.
Baca Juga: Susunan Lengkap Direktur dan Komisari PT LIB, Usai Ferry Paulus Jadi Dirut
Lulus SMA, Anies meneruskan kuliah ke Fakultas Ekonomi, Universitas Gadjah Mada (UGM) dan selesai tahun 1995.
Kemudian tahun 1998, Anies meneruskan kuliah di Master of Public Management di Sekolah Urusan Publik, Universitas Maryland, College Park, Amerika. Sementara tingkat doktoralnya (S3) ditempuhnya di Northern Illinois University, Amerika.
Anies menikah dengan Fery Farhati Ganis dn dikaruniai empat orang putra. Mereka adalah Mutiara Annisa Baswedan, Mikail Azizi Baswedan, Kaisar Hakam Baswedan, dan Ismail Hakim Baswedan.
Mutiara Baswedan yang merupakan lulusan Universitas Indonesia ini, belum setahun melangsungkan pernikahan. Suaminya Ali Saleh Alhuriby, dokter lulusan UI.***